一、子宫原因。也叫子宫性闭经。是因子宫有问题而引起的闭经，例如先天性无子宫、子宫发育不良，或儿童期间疾病累及子宫内膜，发生了粘连或瘢痕，虽然卵巢功能很好，女性特征发育正常，但无月经。出现月经初潮以后患病，例如子宫内膜结核、子宫内膜血吸虫病、子宫内膜化脓或刮宫时刮掉了子宫内膜基底层时，不能对卵巢激素发生反应而发生继发性闭经。
二、卵巢原因。也称卵巢性闭经。正常月经的发生，是由于卵巢分泌的激素作用于子宫内膜，使之发生变化，然后脱落、出血而形成。如果卵巢不能分泌激素，则子宫内膜不发生变化，月经将自然停止，例如先天性卵巢发育不良、卵巢早衰等。这种原因的闭经，常伴有女性特征退化现象，如乳房变平等。
三、垂体原因。称垂体性闭经。脑垂体位于大脑的下方，体积很小，但统帅着全身的内分泌器官，当垂体功能变化时，卵巢功能降低。常见的脑垂体病变是肿瘤和垂体功能低下症。
四、中枢神经系统原因。中枢神经系统包括大脑和下丘脑，它们统帅着脑垂体的活动，间接控制卵巢功能。当中枢神经受刺激时，卵巢功能变化而引起闭经。如失恋、丧失亲人、工作失败时，可以突然闭经，下丘脑肿瘤也会引起闭经。
五、其他原因。这一类包括的范围更广，例如患全身性疾病、内分泌疾病，化疗期间，急剧消瘦以及患多囊卵巢综合征等。
由此可见，闭经是很多疾病的一个症状，发生闭经后，首先应查清原因，然后再进行治疗，以免耽误重要疾病的发现。